مالیات بر ارزش افزوده

با سلام. ما یه شرکت نرم افزاری هستیم در خصوص قراردادهای پشتیبانی که امضا میکنیم شرکت مقابل 16/67 درصد مبلغ قرارداد رو برای مباحث مفاصا حساب پیش خودش نگر میداره.. این درصد قانونی است؟ بعضی شرکت ها هم 5 درصد هر فاکتور به علاوه مبلغ آخرین فاکتور رو پیش خودشون نگه میدارن! کدومشون درسته؟؟ و اینکه ما معمولا توی دو یا سه قسط پولمونو میگیرم قاعدتا فاکتور آخرمون مبلغ زیادیه که دست کارفرما میمونه!! راه حل چیه؟؟